Nou­veau sujet à la mode, le micro­bio­te est l’ensemble des micro-organismes qui nous habi­tent. Les cher­cheurs tra­vaillant sur le cam­pus de l’Institut Pas­teur de Lil­le com­men­cent à mieux le com­pren­dre grâce aux progrès sur l’analyse de l’ADN. Ils nous ont ouvert leurs por­tes le temps d’une matinée.

Il trône fièrement à plus de deux mètres de hau­teur. Mous­ta­che par­fai­te­ment taillée, mèche plaquée sur la droi­te, com­me façonnée par la bri­se autom­na­le lil­loi­se. Le bus­te de Louis Pas­teur veille sur son œuvre : l’établissement qu’il a créé en 1894 pour pro­dui­re un sérum contre la diphtérie qui rava­ge alors le nord de la Fran­ce. Son effi­gie de mar­bre blanc se détache sur le fond rou­ge des bri­ques du bâtiment Albert Cal­met­te, du nom du pre­mier direc­teur de l’Institut Pas­teur de Lil­le.

 

© Xavier BOIVINET

© Xavier BOIVINET

Ven­dre­di 28 octo­bre, 9h15. Nous avons rendez-vous au Cen­tre d’Infection et d’Immunité de Lil­le (CIIL). Tuber­cu­lo­se, pes­te, palu­dis­me… Les sujets étudiés ici n’ont rien d’amical. Pour­tant, notre présence est liée à un sujet qui sus­ci­te un réel engoue­ment depuis quel­ques années : le micro­bio­te. Ce mélange est com­po­sé de mil­liards de levu­res, bactéries et virus : des micro-organismes dix fois plus nom­breux dans notre corps que nos pro­pres cel­lu­les. La part qui habi­te notre intes­tin, autre­fois appelée “flo­re intes­ti­na­le”, aide à assi­mi­ler les ali­ments et à ren­for­cer nos défenses immu­ni­tai­res.

« On a des bactéries qui favo­ri­sent l’obésité. »

« Je me lave les mains peut-être plus sou­vent que les autres. » Che­veux poi­vre et sel et che­mi­se bleue rentrée dans le pan­ta­lon, Mathias Cha­maillard, 43 ans, est direc­teur de recher­che Inserm d’une équipe d’une dou­zai­ne de per­son­nes au sein du CIIL. Généticien de for­ma­tion et spécialiste de la mala­die de Crohn, il a contri­bué en 2001 à la découverte du prin­ci­pal gène de prédisposition de cet­te mala­die inflam­ma­toi­re du système diges­tif. Cela fait main­te­nant une dizai­ne d’années qu’il s’intéresse au micro­bio­te. Il s’installe devant son pupi­tre pour nous présenter son dia­po­ra­ma inti­tu­lé “Les flo­res du mal”. « On ne connaît pas d’organisme vivant qui n’ait pas de micro­bio­te », explique-t-il avant d’ajouter que ce der­nier nous « vient essen­tiel­le­ment de notre maman ». Influen­cé par le type d’accouchement et le mode d’alimentation du nour­ris­son, le micro­bio­te varie plus tard avec le régime ali­men­tai­re. « On a des bactéries qui favo­ri­sent l’obésité. » De quoi améliorer notre compréhension d’une patho­lo­gie d’actualité. En effet, une étude publiée le 25 octo­bre dans le Bul­le­tin épidémiologique heb­do­ma­dai­re vient de révéler que « l’excès de poids concer­ne près de la moi­tié de la popu­la­tion en Fran­ce. »

Labo sous hau­te pro­tec­tion

Le bâtiment où nous nous trou­vons abri­te une mul­ti­tu­de de labo­ra­toi­res. Le dédale de cou­loirs est par­se­mé de dou­ches de sécurité jau­nes et de por­tes grisâtres don­nant sur des sas. Lava­bo, blou­ses blan­ches : c’est ici que se préparent les labo­ran­tins avant de pénétrer dans leur espa­ce de tra­vail. Les pan­neaux placardés à l’entrée affi­chent des noms bar­ba­res pour les pro­fa­nes : pla­te­for­me de cytométrie en flux, labo­ra­toi­re de sécurité N2B2 humain… Des appa­reils mesu­rent la différence de pres­sion entre l’intérieur et l’extérieur de la pièce. « On ne peut pas entrer, ce sont des espa­ces confinés », nous expli­que Mathias Cha­maillard. En s’approchant des hublots, on aperçoit tout de même quel­ques ins­tru­ments. « L’enceinte avec les espèces de gants sur les parois que vous voyez là per­met de mani­pu­ler en condi­tions anaérobies. » Com­pren­dre : dans un envi­ron­ne­ment sans oxygène.

Un sujet star

Les découvertes récentes sur les propriétés du micro­bio­te sus­ci­tent beau­coup d’intérêt. En témoignent les nom­breux ouvra­ges publiés sur le sujet, com­me Le Char­me dis­cret de l’intestin, de Giu­lia Enders. « Le grand public com­prend mieux main­te­nant », esti­me Mathias Cha­maillard. Et qui dit sujet à la mode dit facilités pour obte­nir des finan­ce­ments : « Depuis deux ans, il y a une com­mis­sion “micro­bio­te” à l’Agence natio­na­le de la recher­che. Et il y a main­te­nant des appels d’offres ». Le développement des connais­san­ces sur le sujet est dû « aux progrès tech­no­lo­gi­ques effectués ces dernières années », et en par­ti­cu­lier au séquençage de l’ADN.

Direc­tion le bâtiment Camille-Guérin, du nom du vétérinaire par­te­nai­re d’Albert Cal­met­te dans la découverte du vac­cin BCG (Bacil­le de Cal­met­te et Guérin) contre la tuber­cu­lo­se. L’odeur pro­ve­nant d’une bou­che de ven­ti­la­tion évoque – aux initiés – la présence d’une ani­ma­le­rie. L’entreprise Genos­creen se niche au som­met de trois étages inter­mi­na­bles.

Des par­te­na­riats pour la scien­ce

Le séquençage de l'échantillon d'ADN se fait en 24 ou 48 heures. © Benoît CRÉPIN

Le séquençage de l’échantillon d’ADN se fait en 24 ou 48 heu­res. © Benoît CRÉPIN

Peti­te bru­ne aux che­veux ondulés, lunet­tes sur le nez, Stéphanie Fer­rei­ra a l’habitude de rece­voir des jour­na­lis­tes. Doc­teu­re en bio­lo­gie cel­lu­lai­re et moléculaire, elle est à l’aise pour nous par­ler de ses activités de res­pon­sa­ble Recher­che et Développement en génomique. Nous nous entas­sons dans la minus­cu­le sal­le de pau­se. Depuis 2001, l’entreprise privée mène ses pro­pres pro­jets, et d’autres en par­te­na­riat avec l’Institut Pas­teur de Lil­le, le CNRS, l’Inserm et l’Inra. « Nos machi­nes d’analyse ADN ont fait un bond en avant il y a huit ans. On a chan­gé de bra­quet. » Cela a ren­du pos­si­ble l’analyse de mélanges de bactéries com­me le micro­bio­te. L’étage du des­sous ne se visi­te pas : c’est l’endroit où a lieu l’extraction de l’ADN, une tech­ni­que très sen­si­ble aux conta­mi­na­tions. Au pre­mier se trou­vent la direc­tion ain­si que les ser­vi­ces admi­nis­tra­tif et com­mer­cial qui représentent un tiers des effec­tifs.

« À notre étage, on fait le séquençage de l’ADN. » La visi­te s’effectue en tra­ver­sant plu­sieurs labo­ra­toi­res suc­ces­sifs aux murs verts et jau­nes où trois labo­ran­ti­nes s’activent devant leur paillas­se. La température chu­te bru­ta­le­ment dans la dernière pièce où nous pénétrons. La cli­ma­ti­sa­tion a été boostée pour les machi­nes et « cet­te tour qui fait beau­coup de bruit, c’est le ser­veur. C’est ici que sont stockées et analysées les données. »

Mathias Cha­maillard expli­que que les besoins nutri­tion­nels des bactéries res­taient jusqu’à récemment mal connus, d’où l’impossibilité de les culti­ver. Grâce aux tra­vaux menés dans les labo­ra­toi­res, « on com­men­ce à com­pren­dre leurs gènes. Cela va per­met­tre d’apprendre leurs besoins. » Même si les résultats de ses recher­ches mon­trent le rôle déterminant de l’alimentation sur la com­po­si­tion du micro­bio­te, le cher­cheur admet ne pas avoir chan­gé son mode de vie. « On n’est jamais prophète dans son pays, conclut-il avec un petit sou­ri­re, sinon je serais un peu plus mai­gre ! »

Xavier Boi­vi­net

Partager

A propos de l'auteur

Laisser un commentaire